Eesti Metodisti Kiriku misjonitöö prioriteedid on:

• välismisjon – misjonitöö väljaspool Eesti Vabariigi piire, muuhulgas soome-ugri rahvaste seas;
• sisemisjon – väljapoole kogudust ulatuv evangeelne töö, uued algatused;
• misjoni- ja evangelismitöö alane õpe – misjonipäevad, koolitused, seminarid, koguduste misjonialane teavitamine).

Praegusel perioodil on EMK seotud järgmiste misjoniprojektidega:

EMK on Leetu läkitanud ühe misjonäri, kes teenib sealses metodisti kirikus, korraldab ühispalvusi ja seminare ning külastab hoolekandeasutusi.

EMK vene koguduse noored käivad Nepali lastekodudes aitamas remonditöödega, aidatakse katta laste põhivajadusi, toetatakse Nepali esimese kristliku kooli ehitamist ning õpetatakse lapsi.

EMK-s teenivad kaks misjonäri. Mõlemad on rakendust leidnud EMK Teoloogilises Semiaris.

Koostöös MTÜ Damotaga osaleb EMK arengukoostöös Etioopias:

• EMK liikmed osalevad vabatahtlikena Etioopia misjoniprojektides;
• EMK kogudused toetavad vähekindlustatud lapsi võimaldades neile kooliharidust ja toitlustust;
• EMK liikmed toetavad vastsündinute abipakkide kokku panemisel.

EMK toetab misjonitööd Handimaal Jamali Neenetsi piirkonnas elevate väikerahvaste – hantide ja neenetsite juures.

Misjonitöö toetamiseks korraldatakse erikorjandusi, misjoniteemalisi tulukohvikuid, näitusi ja kunsti müüki.