Эркки Сепп в 2006 году окончил Теологическую семинарию ЭМЦ, и в 2008 году - магистратуру Тартуского университета (факультет теологии). Двумя годами позже Эркки начал пасторское служение в общине Нарва. Эркки женат на Леени, у них двое сыновей. 25 лет Эркки работал в шахтах. Его хобби – баскетбол и выращивание гладиолусов.