Теологическая Семинария Эстонской Мето­дистской Церкви акредитирована государством, как Частное Прикладное Высшее Учебное Заведение. Предлагаемое высшее Богословское образование делает ударение на прак­тической теологии и изучении Библии. Обучение проходит на эстонском языке с переводом на русский и английский языки.

Целью Теологической Семинарии ЭМЦ является предоставить христианам уравно­ вешенное Богословское образование, помогая им эффективно применять свои дары и знания в работе церкви, а также находить адекватные решения на нужды церкви и общества.

Семинария основана в 1994 году. Выпускники Семинарии трудятся пасто­рами, капелланами, учителями религиове­дения в общеобразовательных школах и слу­жителями в разных областях работы церкви (миссионерской, детской, молодёжной, душепопечительской работах, в конскуль­ти­ ровании и диаконами и т. д.).

В Семинарии учатся студенты различных конфессий и национальностей. Кроме осно­вного учительского состава преподают гости-лекторы из других Высших Учебных Заведений, в том числе из-за рубежа. Помимо академических предметов в учебную программу входят практические духовные курсы, под названием «Служение под руководством». Альтернативой к приобретению высше­го образования семинария предлагает годичный основной курс Практической Теоло­гии. Есть возможность учиться, как на модульном и заочном отделениях.