В 2004 году на Годовой Конференции ЭМЦ решили образовать Комитет образования в церкви. На данный момент членами Комитета являются Тхеа Кант, Лии Лиллеоя, Тармо Лиллеоя, Майре Иванова, Ирина Калашникова и Инна Вялья.

Целью Комитета образования является обучение работников церкви, организация обучения в общинах и издание христианских учебных материалов. В 2006 году совместно с Теологической Семинарией ЭМЦ и Ординационной Комиссией ЭМЦ был сделан проект проведения дополнительных курсов для пасторов и прихожан.

С 2004 по 2009 год Комитет координирует христианскую работу образования и развитие проекта ученичества в Эстонской Методистской Церкви на протяжении 5 лет. Комитет образования дополнительно проводил дни обучения на следующие темы: 2004 год – семинар­конференция «Церковь в малых группах»; 2005 год – семинар для руководителей малых групп; 23–25 марта 2006 года – СевероЕвропейская Христианская Конференция ОМЦ на тему «Христианское обучение сегодня»; 24 марта 2007 года – семинар­конференция «Христианская семья в переменах общества»

Комитет издал несколько учебных материалов: 37­недельные курсы конфирмации для молодёжи, которые есть и на CD (2004); Барбара Брюс «Христианское обучение в жизни» (2005); Библейский курс «Ученик Христа» на эстонском и русском языках (2007).

Комитет по образованию предлагает общинам помощь в организации проведения курсов, такие как (Альфа, Конфирмация, Ученик Христа), обучение для взрослых и руководителей групп. Проведения курсов Комитета образования ЭМЦ поддерживаются Fund Mission Europe, British National Appointments Fond, General Board of Global Ministries и Christian Educators Fellowship.