9 марта 1918 года основалась методистская община в Хаапсалу, когда Аугуст Микков впервые провёл в своём доме на Эхте 7, причастие 4-ём братьям и 16-ти сёстрам. Община зарегистрировалась официально только в 1920 году и стала филиалом общины Курессааре. В 1922 году было готово новое здание церкви, и 23 июля его бла-гословил епископ Нуэльсен. Вскоре у общины появились филиалы в деревнях в имении Вынну, Паливере, Лихула и Уугла.

Пастор общины Яаан Яаагупсоо умер мучеником – его убили в 1941 году и его прах покоится на кладбище в Ноароотси. Во время Второй Мировой войны в церковь в Хаап-салу поместили эвакуированную Тартускую глаз-ную клинику. Не смотря на все трудности, Вальдо Ояссоо, который приехал в Хаапсалу в 1942 году, уда-лось восстановить работу общины. Людей становилось больше, начали музы-кальное служение и нача-ли строить орган, который был готов в 1961 году.

После него, в общине служил Рудольф Сиирак, а сейчас Урмас Рахуварм. Сестринской церковью общины Хаапсалу является Шварц Криик Объединённая Методистская Церковь в Мичигане (Swartz Creek United Methodist Church).