Целью Женского объединения Эстонской методистской церкви является поддержка женщин ЭМЦ в их служении. В Женское объединение входят женщины как из эстонских, так и из русских общин. Основная деятельность проводится в поместных общинах: женские группы общения, библейские и молитвенные группы, а также благотворительная деятельность внутри и вне общины. Кроме того, организуются общеэстонские совместные мероприятия. Женщины-методистки инициировали проведение экуменических служб по случаю Всемирного женского дня молитвы в Эстонии. Они проходят ежегодно в первую пятницу марта. В декабре проводятся дни ожидания Рождества. Члены объединения участвуют в международной работе, представляют Эстонию на семинарах и конференциях.

Женское объединение ЭМЦ было основано в 1993 году. Тогда же были определены четыре направления работы: проповедь Евангелия, общение, обучение и попечительская работа. На служениях Женского объединения проповедовали о том, что горело в сердце. Группы общения важны для молитвы, изучения Библии и обмена мнениями. Многочисленные семинары предоставили возможности для обучения, а мероприятия постоянно освещались в колонках журнала «Koduteel». Установились хорошие экуменические контакты с различными деноминациями, и работа получила международное признание.

В 1996 году Женское Объединение ЭМЦ возобновило свое членство в федерации «World Federation of Methodist and Uniting Church Women», которая объединяет женщин с методистским наследием из более чем 70 стран мира.