Приоритеты миссионерской работы Эстонской методистской церкви:

• зарубежная миссия — миссионерская работа за пределами Эстонской Республики, в том числе среди финно-угорских народов;
• внутренняя миссия — евангелизационная работа вне церкви, новые инициативы;
• миссия и обучение евангелизации — миссионерские дни, тренинги, семинары, информация о церковной миссии).
• В текущий период ЭМЦ участвует в следующих миссионерских проектах:
• ЭМЦ направила в Литву миссионера, который служит в методистской церкви, организует совместные молитвы и семинары, а также посещает учреждения социального обеспечения.
• Молодежь из русской общины ЭМЦ посещает детские дома Непала, чтобы помочь с ремонтом, восполнить основные потребности детей, поддержать строительство первой христианской школы в Непале и обучать детей.
• В ЭМЦ служит два миссионера. Оба нашли применение в Теологической Семинарии ЭМЦ.
• ЭМЦ в сотрудничестве с MTÜ Damota участвует в развитии сотрудничества в Эфиопии:
• члены ЭМЦ добровольно участвуют в миссионерских проектах в Эфиопии;
• общины ЭМЦ поддерживают детей с низкими доходами, предоставляя им школьное образование и питание;
• члены ЭМЦ поддерживают сбор пакетов помощи для новорожденных.
• ЭМЦ поддерживает миссионерскую работу с хантами и ненцами из числа малых народов, проживающих в Ханты-мансийском и Ямало-ненецком округах.

Для поддержки миссионерской работы организуются специальные сборы денег, связанные с миссией доходные кафе, выставки и продажи произведений искусства.