Шесть священнослужителей Эстонской методистской церкви служат капелланами в тюрьмах, Силах обороны и Кайтселиите. Капелланы проводят молитвенные служения, богослужения, курсы конфирмации, крещения, причастие, похороны, освящения, библейские уроки, уроки этики и пастырские беседы. Капелланы Сил обороны и Кайтселиита поддерживают семьи погибших военнослужащих, участвуют в парадах, юбилеях, конференциях и учениях. Тюремные капелланы проводят социальную программу для наркоманов, передают отчеты о смерти семьям, навещают больных заключенных и распространяют религиозную литературу и символику.