EMK Naiste Ühendus loodi 6. novembril 1993. Sellele andis lõpliku impulsi Lii Lille­o ja ja Külli Kuusemaa osalemine 1991. aasta juunis Inglismaal toimunud Briti Metodisti Kiriku naisorganisatsiooni konverentsil. Samal ajal arenesid kontaktid Metodisti Naiste Maailmaföderatsiooni Kontinentaal-Euroopa piirkonnaga, mille üleeuroopalisel semina­ril Ida-Saksamaal aprillis 1989 osales EMK esindajana Meeli Tankler.

Metodisti ja Ühinenud Kirikute Naiste Maailmaföderatsioon (World Federation of Methodist and Uniting Church Women) on organi­satsioon, mis ühendab metodistliku pärandiga naisi enam kui 70 riigist üle kogu maailma. Eesti Metodisti Kiriku Naiste Ühendus taastas oma liikmelisuse selles or- ganisatsioonis aastal 1996. Tegelikult olid EMK naised formaalselt föderatsiooni asu­tajaliikmete seas, sest 26. oktoobril 1939 kirjutas piiskop Raymond J. Wade’i abikaasa USA-s Pasadenas Metodisti Naiste Maailma­ föderatsiooni asutamisdokumendile alla lisaks Rootsi, Soome, Soom-Rootsi, Läti ja Leedu ka Eesti metodisti naiste nimel. Kuid vahepealsel suletud piiride ajastul puudus nii võimalus kirikus ametlikult naistetööd arendada kui ka rahvusvaheliselt suhelda.

Tööd alustades seati neli töösuunda: kristlik kuulutus, osadus, õppimine ja hoolekanne. Naiste Ühenduse jumalateenistustel on kuulutatud sõnumit, mis põleb südames. Osadusgruppides on suur osakaal palvel, piibliuurimisel ja vastastikusel jagamisel. Õppimisvõimalusi on pakkunud arvukad seminarid, tegevust on pidevalt kajastatud ajakirja Koduteel veergudel. On arenenud head oikumeenilised kontaktid erinevate konfessioonidega ja töö on leidnud rahvusvahelist tunnustust.

Metodisti naiste initsiatiiviks Eestimaal on olnud ülemaailmse naiste palvepäeva oikumeeniliste jumalateenistuste korraldamine iga aasta märtsi esimesel reedel. Juba üle kümne aasta on need toimunud Tallinnas ja Pärnus, aastal 2006 lisandusid Saaremaa, Rakvere ja Ida-Virumaa.

Naiste Ühendus hõlmab nii eesti kui ka vene koguduste naisi. Põhitegevus toimub küll kohalikes kogudustes, kuid igal aastal toimub kaks üle-eestilist ühisüritust – kevad-või suvepäev ja jõuluootuse päev.

Iga kolme aasta järel novembrikuus tuleb kokku suurkogu, mis valib ka uue eestseisuse. EMK Naiste Ühenduse esinaised on olnud 1. ja 3. perioodil Lii Lilleoja, 2. perioodil Maire Simm, 4. perioodil Meeli Tankler ja 5. perioodil Pille Mägila. Lisaks esinaisele kuuluvad juhatusse kuus eestseisuse liiget. Hetkel on ametis 5. novembril 2005 valitud juhatus järgmises koosseisus: Imbi Herm, Sirly Lahi, Valentina Põld, Ljudmilla Voltšihhina, Vööbe Uus ja esinaine Pille Mägila.

Suureks tunnustuseks EMKle on olnud Naiste Ühenduse ühe asutajaliikme Meeli Tankleri valimine Metodisti ja Ühinenud Kirikute Naiste Maailmaföderatsiooni Kontinentaal-Euroopa piirkonna asepresidendiks (1996–2001) ja presidendiks (2001–2006) ning Euroopa Oikumeenilise Kristlike Naiste Foorumi Eesti koordinaatoriks novembris 2006.