Pühapäevakoolide töö on üks vanemaid tööharusid EMK-s. Vaatamata sellele, et Nõukogude ajal oli kirikutes igasugune töö ja tegevus lastega rangelt keelatud, tehti seda siiski mitteametlikult. Selleks kasutati koduseid sünnipäevapidusid, suvekodusid laste laagripäevade läbiviimiseks jms.

Pühapäevakooli õpetajad olid vaprad vabatahtlikud koguduseliikmed: naised-emad ja ka mõned mehed, kes õpetasid lastele piib lilugusid ja vaimulikke lastelaule. Õpetajate koolitamiseks tulid appi Soome kristlased, kes tõid Eestimaale salaja vastavaid õppe­materjale ja korraldasid ka väljaõpet.

Eesti taasiseseisvumise eel ja ajal laste töö aktiviseerus, pühapäevakoolidesse tuli palju uusi lapsi. Tekkis vajadus koolitada õpetajaid. Lastetööks vajalikke teadmisi saab omandada ka EMK Teoloogilise Seminari põhikursusel.

Aastal 1993 avanes võimalus korraldada EMK laagris Giideon ülekirikulisi laste suvelaagreid, moodustati ka vastavad korraldustoimkonnad nii eesti- kui venekeelse laste­laagri jaoks.

Kahel suvel on toimunud Tallinnas üle kirikuline eestikeelne lastepäev „Rõõmuralli”.

Viimase kuue aasta jooksul on olnud võimalus Eestis kirjastada ÜMK globaalteenistuse pühapäevakoolitöö õppematerjale. Selle üllitamiseks loodud toimkonda kuuluvad Meeli Tankler (tõlk ja juhataja), Külli Kuusemaa, Piibe Piirma, Lii Lilleoja, Sirly Lahi, Pille Mägila ja Urve Pärnamets. Pühapäevakooli õppematerjali õigeks kasutami­ seks on orga­n iseeritud õpetajatele koolituspäevi.

Põhitöö toimub koguduste pühapäevakoo­lides, nii eesti- kui venekeelsetes.