Võru koguduse töö sai alguse ühest imelisest sündmusest. 1993. aasta septembris kohtusid superintendent Olav Pärnamets, pastorid Kaupo Kant, Olavi Ilumets perekond Kase ja veel mõne Võru kristlasega. Koit ja Viive Kask kutsusid kohalolnuid vaatama üht pooleliolevat eramut Võru linnas, mis oli tuntud „mustlase majana”, ning teatasid oma soovist kinkida see maja Eesti Metodisti Kirikule, et seal võiks alguse saada metodisti kogudus.

Hoone pühitseti 2. oktoobril 1994 Metodisti Maailmanõukogu Eksekutiivkomitee koosoleku raames. Pühakojaks kohandatud eramusse kogunes ligi 200 inimest. Lõuna-Aafrika piiskop lausus prohvetlikud sõnad: „Mida Jumal on avanud, ei suuda keegi sulgeda.” See leidis aset mõni päev pärast Estonia laevahukku ning hoone toimis esimest korda ka päästepaadina, sest kinkijad olid olnud kutsutud saatuslikule reisile, kuid jätsid avamistseremoonia tõttu minemata.

Jumalateenistused hakkasid toimuma igal pühapäeval. Võru kogudus tegutses esimestel aastatel Ruusmäe koguduse filiaalina, hiljem registreeriti kogudusena. Esimesena liitus kogudusega 1995. aasta kevadel perekond Palo Raistest. 1995. aasta kevadel alustati lastetööd Agnes, Ele ja Lea Palo juhtimisel.

1997. aastal said Võru koguduse liikmete initsiatiivil alguse kaks kristlikku organisatsiooni: MTÜ Kunstistuudio Krisepto ja MTÜ Võru Ühisabi. 1998. aastast algas regulaarne noortetöö Lea Palo ning muusikatöö Thea Kanti juhtimisel.

1999. aastal, koguduse 5. aastapäeval, pühitseti hoone alumine korrus. 2003. aasta detsembris tegi Võru koguduse juhatus otsuse alustada juurdeehitust. 2006. aastal võeti vastu kirikuhoone juurdeehituse detailplaneering ning valmis hoone rekonstrueerimis projekt.

Võru koguduses tehakse teenimistööd Võru haigla erihoolde osakonnas. Lisaks piibliõppe gruppidele tegutseb osadusgrupp „Kõnõlõ minoga“ vanematele inimestele, emade
ja beebide grupp, meeste- ja naiste ühendus ning tehakse peretööd. 2003. aasta suvel algas regulaarne misjonitöö Varstus ning Tabiveres.

Võru koguduse sõpruskoguduseks on Montgomery Esimene ÜMK (Montgomery (First United Methodist Church) Alabama osariigis.

Pastorid:

  1. Kaupo Kant 1994–2000
  2. Ele Palo (Paju) (pastori kt) 1999–2000
  3. Vladek Manninen 2000–2002
  4. Ele Paju 2002–2005
  5. Kaupo Kant aastast 2003
  6. Ove Palo (noortepastor) 2005–2006
  7. Ele Paju 2005-2010