Räpina kogudus asutati ametlikult 16. märtsil 1988. Räpina kogudus on välja kasvanud Tartu kogudusest, kuhu kuulusid mõned Räpinas elavad liikmed. Algusaastail külastas iga kuu kolmandal pühapäeval Räpina metodiste ja jagas armulauda Tartu kogudusevanem Päivo Kasekamp. Räpinas käis sageli ka Andres Kirjamägi ning kodudes peetud teenistustel osales palju rahvast.

22. juulil 1986 osteti töö tegemiseks poolt majast Vabaduse tänav 1. 1986. aastal ordineeriti diakoniks Olavi Ilumets, kes on lõpetanud EMK Teoloogilise Seminari. Alates aastast 2001 teenib Räpina kogudust samuti EMK Teoloogilise Seminari lõpetanud Rein Laaneser.

Räpina kogudust on toetanud Bartlesville’i Esimene ÜMK (Bartlesville’ First United Methodist Church) Oklahoma osariigis.

Pastorid:

  1. Olavi Ilumets 1988–2017
  2. Rein Laaneser 2001-2008
  3. Andrus Kask 2008-2010
  4. Ele Paju aastast 2010