Haapsalus asutati metodisti kogudus 9. märtsil 1918, kui August Mikkov jagas oma kodus Ehte tänav 7 esmakordselt armu lauda 4 vennale ja 16 õele. Ametlikult registreeriti kogudus alles 1920. aastal Kuressaare koguduse osakonnana. 1922. aastal valmis uus kirikuhoone, selle õnnistas piiskop Nuelsen 23. juulil. Peagi tekkisid kogudusel maaosakonnad Võnnu  mõisas, Paliveres, Lihulas  ja Uuglas.

Haapsalu koguduse pastor Jaan Jaagupsoo suri märtrina – ta mõrvati 1941. aastal ja tema maine põrm puhkab Noarootsi kalmistul. II maailmasõja ajal paigutati kirikusse Haapsalusse evakueerunud Tartu silmakliinik. Kõigile välistele raskustele vaatamata õnnestus Valdo  Ojassool, kes tuli Haapsallu 1942. aastal, koguduse töö uuesti elustada. Inimesi tuli juurde, alustati muusikatege-vusega ja ehitati orel, mis valmis 1961. aastal. Pärast teda on teeninud kogudust Rudolf Siirak ja käes  oleval ajal Urmas Rahuvarm. Haapsalu koguduse sõpruskoguduseks on Swartz Creeki ÜMK (Swartz  Creek United Methodist Church) Michiganist.

Pastorid Haapsalus

  1. August Mikkov 1918–1922
  2. Johannes Karlson 1922–1923
  3. Martin Prikask 1923–1924
  4. Martin Krüger (Kuigre) 1924–1925
  5. Jaan Puskay 1925–1926
  6. Ferdinand Tombo 1926–1932
  7. Adalgoth Seck 1932–1933
  8. Jaan Jakobson (Jaagupsoo)   1933–1941
  9. August Mikkov 1941–1942
  10. Valdo Ojassoo 1942–1969
  11. Rudolf Siirak 1969–1998
  12. Urmas Rahuvarm aastast 1998
  13. Andreas Rahuvarm (abi) aastast 1999